Cy5是一种发远红(far-red)荧光的花青素荧光染料。它的消光系数很高，荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用633nm或647nm的激光束激发然后用Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy5荧光落在远红光区，使用Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。Cy5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，纳米粒等，它最用于是标记核酸分子（DNA和RNA）。
NHS活化酯[N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE)]是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（主要伯胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反应。
Cy5-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素，即sulfo-Cy5-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。
Cy5-NHS标记后的产物Ex/Em是640/664nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。
| CAS号 | 1032678-42-4 |
| 分子式 | C36H42ClN3O4 |
| 分子量 | 616.19 |
| 结构式 |  |
| 光谱特性 | Ex/Em＝640/664nm (PBS缓冲液) |
| 消光系数(ε) | 250000L·mol-1·cm-1 |
| 量子产率 | 0.2 |
| 外观 | 深蓝色固体 |
| 溶解性 | 易溶于DMF等有机溶剂 |
| 保存条件 | 避光，干燥，-20℃保存 |
- NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需室温放置回温至少20分钟。
- 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS）；Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
- 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂白。
- Cy5荧光处于红光区，尽管仪器检测最灵敏，但是人肉眼对此区红光不敏感，除非很强，Cy5荧光在显微镜下肉眼难观察到。
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